年末年始の会社休業日を有給休暇扱いにしてもいいの？

　年次有給休暇は労働者の権利ですから、使用者の時季変更権による制約は受けますが、いつ取得するかは原則として労働者の自由です（労働基準法39条4項）。

　もっとも、年次有給休暇の計画的付与制度が導入されている場合は、使用者はその定めに従って有給休暇を与えることができます（同法39条5項）。
　この制度は、有給休暇が認められていても、実際にはなかなか行使できないことから設けられたもので、この場合、労働者の時季指定権も使用者の時季変更権も行使できないとされています。

　具体的には、有給休暇のうち5日を超える部分について、労働者の過半数で組織する労働組合または労働者の過半数を代表する代表者と書面による協定を結ばれた場合に有給休暇の計画的付与が認められます。
　その書面には、計画的付与の対象者（あるいは対象から除く者）、対象となる年次有給休暇の日数、計画的付与の具体的な方法などを定める必要があります。

　以上より、あなたの会社でこのような協定が結ばれている場合には、全社的な年末年始休業日の一部を有給休暇でまかなうことも合法ということになります。
　逆に、就業規則に休日として定められている日（所定休日）を勝手に有給休暇扱いにすることは許されませんから、まずは就業規則を確認されることをおすすめします。