合意の上だったのに強姦容疑で逮捕される？

　相手の女性が妊娠したか否かはさておき、あなたが強姦容疑で逮捕されることは、まず考えられません。
　強姦罪で公訴が提起されるに至るには、強姦が親告罪であることから（刑法180条）、相手の女性が捜査機関（警察など）に告訴することが必要となります。
　告訴とは、被害者その他、告訴権を有する一定の者が、捜査機関に対し犯罪事実を申告し、犯人の処罰を求める意思表示をいい（刑事訴訟法230条）、書面又は口頭で、検察官又は司法警察員に対して行うこととされています（刑事訴訟法241条1項）。

　告訴を受ける際、警察は、女性に強姦されたいきさつ等について確認します。そして、あなたにも事実関係について確認を求めると思われますが、いきなり逮捕することはありません。
　「ホテルに入り、翌朝一緒にホテルを出て、朝食を共にした後、別れた」というのが事実なら、その間に強姦行為が行われたと考えるのは、あまりに無理があります。強姦の加害者と被害者が、仲良く朝の食事を取ったりするでしょうか？
　利用したホテル、朝食を共にしたレストランなどは、調べれば分かります。また、それらの場所で、二人がどのような様子であったかも、ホテルなら、フロント・廊下等に設置された防犯ビデオ、レストランでは係員の証言等から、明らかにすることができます。
　そして、犯罪事実を証明しなければならないのは、捜査機関たる警察であって、あなたではありません。したがって、あなたは捜査機関に対し、真実を語るだけでよいのです。

　なお、女性の行為ですが、虚偽の犯罪をでっち上げて人を告訴すれば、虚偽告訴罪に問われます（刑法172条、3年以上10年以下の懲役）。金品を要求すれば、恐喝罪（刑法249条、10年以下の懲役）となります。