窃盗・横領？

デパートの機械を不正に操作して自分のカードに勝手にポイントをつけてしまって、それを商品券に換えて使った、ということですか？

そうであれば、窃盗や横領ではなく、会社から商品券をだまし取った詐欺になるように思います。

（電子計算機使用詐欺）
（刑法）第二百四十六条の二 　前条に規定するもののほか、人の事務処理に使用する電子計算機に虚偽の情報若しくは不正な指令を与えて財産権の得喪若しくは変更に係る不実の電磁的記録を作り、又は財産権の得喪若しくは変更に係る虚偽の電磁的記録を人の事務処理の用に供して、財産上不法の利益を得、又は他人にこれを得させた者は、十年以下の懲役に処する。

誠心誠意謝って、だまし取った額を弁償したとしたら、それ以上は、やったことをなかったことにする、あるいは、罰を軽くするためにできることはありません。

ただ、そんなことができる（された）というのは会社の信用にもかかわるので、会社としては厳しく対応するかもしれませんが、もし刑事告訴されても、だまし取った額にもよりますが、額がそれほどでなく初犯であるならば、それほど重い罰にはならないかもしれません。