台湾から輸入し販売した商品がＡ社の意匠登録を侵害しているということで内容証明郵便を受け取ったのですがどうすればよいでしょうか？

　工業所有権に関してはまだ勉強中の者ですが、参考になればと思います。

　工業所有権のうち意匠件は、創造物の外観、デザインを保護するためのものです。
　創造物ですので、たとえ海外の商品といえども一般に知られたもの、各国の文献に記載されている（特許、官公庁の広報、論文、雑誌など）ものは権利を得ることができません。意匠権は、特許庁に出願の後、このような条件を満たしているかどうか、審査ののちはじめて権利として認められます。
　従って、台湾など海外であろうと、すでに他人が販売していて、特許登録されているものと同じデザインのものを、Ａ社がだれよりも先に日本国内に持ち込んだからと言って、意匠権を申請しても、権利は得られないと考えるのが通常です。
（海外でのその健康器具の設計にＡ社が関与していた場合は異なる判断になりますが・・・。）
　
　Ａ社が、意匠登録を２００６年にしているということで内容証明が送られてきたとのことですが、内容証明に意匠権の登録番号や登録内容の広報は含まれていますでしょうか？含まれていない様でしたら、Ａ社が意匠権を主張する根拠が明確ではないので、登録番号の開示を要求すべきでしょう。
　次に、登録番号または出願番号がわかれば、特許庁の関係機関である工業所有権情報・研修館の特許電子図書館サービスにてその内容を無料で確認することができますのでまずはそちらでＡ社の権利内容が本当にその健康器具に該当するものであるのか、Ａ社が本当に権利を持っているのかを確認しましょう。または、権利者名で検索することもできるはずです。

特許電子図書館サービス
http://www.inpit.go.jp/info/ipdl/service/index.html

　また、Ａ社が実際に意匠権を登録済みであった場合でも、台湾国内での特許文献などをもとに意匠権登録を無効とすることができる場合がありますのでそちらは弁理士などの専門家に相談することをおすすめします。
　単に出願済みというだけでしたら、日本での意匠出願時にすでに台湾国内で特許登録されていた証拠をＡ社に示せばＡ社が日本国内で意匠権を登録に至る可能性がないということで、十分な反論の材料になるかと思います。
　　

　
　

　専門の弁護士さんや弁理士さんに相談すべきケースだと思いますが、意匠権などの権利は、各国別に取得することができ、その範囲で保護されるので、日本国内においてはＡ社の意匠権が保護されることになります。
　日本の企業名などが中国で関係ない第三者に商標登録されてしまい、日本の企業がその企業名などを使えず、対応に苦慮したという問題がありましたが、今回のケースはその逆パターンですね。

　したがって、意匠権を有するＡ社に無断でその保護対象となる商品を輸入することは、意匠権の侵害となります。

　ただ、過去の判例では、(1)外国の権利者の許諾を得ており、(2)外国の権利者と日本の権利者が法律的若しくは経済的に同一である場合であって、(3)日本の権利者が直接的または間接的に品質を管理できる場合には、いわゆる並行輸入も正規品の輸入として適法であるという判断がなされています。しかし、今回の場合は、台湾の権利者と日本の権利者の間で、独占販売契約が結ばれているわけではないようですし、このロジックは使えないということになりそうです。

　どちらにしても、素人が首をひねっても解決しない問題ですので、国際的な知的財産権の取り扱いに詳しい専門家に相談されることをお勧めします。国内向けの業務だけをしている弁護士・弁理士では、難しい案件かもしれません。