年俸って

>個人経営なので基準が何もないのです
>自分としては今の支給金額に残業代・休日手当を付けてほしいのですが
>何かいい方法は無いでしょうか？　

労働基準法では労働者の賃金については皆さんが思っている以上に保護されています。
毎日の勤務記録をメモ帳につけておきましょう。
それをもとに労働基準監督署に相談することは可能ですし、
会社に対しては結構な圧力となります。
時効でない範囲については遡って請求できる場合もあります。

ただしこれは現実問題、退職した後や、退職を前提とした場合でないと
人間関係がぎくしゃくしてしまって、働きづらくなるかもしれません。

会社側にそういった基準がないのであれば
就業規則や賃金規定のフォームはソフトで販売されていて、自分の会社に
あわせて少しカスタマイズするだけで使えるようになっていますから
作成してみてはいかがでしょうか。
賃金以外の給与や休日、有給から、慶弔の類まで全て網羅されてますよ。

今までは1年間○○○万円を12等分して受け取ってたわけですね。
今後は基本給・手当等、内訳が細分化されるわけですが、
たとえば、残業手当・休日出勤手当が設けられて、制限なく付くのであれば
超過して労働した部分が、そのまま加算されるので、増える可能性はありますよね。
（もともともらっていた年俸の設定にもよりますが）
他にも、住宅手当、家族手当のように社員の状況によって支給されるものもありますし
精勤手当のように、遅刻・欠勤をしないご褒美としてもらえるような性質のものも
あります。どのような手当が設けられるのかわからないと一概には言えません。
現在、会社の業績が好調なのであれば、いい意味での変化なのかもしれません。
個人経営の会社ということもあり、今後、福利厚生を充実させていくために
行っているのかもしれません。
業績が不調であれば会社を維持するために人件費をセーブする目的とも考えられます。
人件費に関する話は、社員に対して全て真実を告げられるわけではありません。
建前を立場上、言わなければならないこともしばしばあります。
個人経営の会社ですから、直の上司＝社長という可能性もあるかもしれませんが
少し、お酒が入っている時、機嫌がよさそうなところを見計らって
年棒制じゃなくなる理由を聞いてみてはいかがでしょうか。
お酒が入っている時は人間、案外、本音が出やすいものです。
（※酒癖の悪い人にはおすすめしません）