リフォーム工事の追加料金について

補足読ませて頂きました。
勝手にしてしまったとは言え　横に施主様がいらっしゃったとの事！
施主様が黙認なさってる事になりますね。
ある意味横で見ていたのですから了解していたともとれます。　
施主側は　それを知りながら業者に　「窓を何故変えるんだ」と確認しなかったのですから施主側の落ち度も十分にあると思います。

既製の窓も古く、お風呂とトイレを改築しスペースを拡張したせいで
サイズが合わなくなった既製の窓を取り替えなければ窓無しになってしまう事から新しいサイズの窓は必要不可欠であったと言う事になります。

きっと施主側は　業者が新しい窓に変えているのを見ながら　
業者がその確認を取らなかったのを良い事に見積もりに入ってないから支払わないぞ！と思っていたのではないでしょうか？
leonさんも　おっしゃる通り　私も窓の分の請求はして妥当だと思います。

「お風呂とトイレを改築しスペースを拡張したせいで　今までの窓は使い物にならなくなり　変えざる負えなかった、施主様もその作業をご覧になっていましたよね。黙って　その作業をご覧になっていたので　サイズ不良による窓の交換だと了解されたものだと思っていました。」と主張できると思います。
円満に解決出来る事を願っております。
でも　今後はこの様なトラブルを避けるため　しつこい位に確認した方がいいですね。　今の窓枠と過去の窓枠の幅などを提示して　納得して貰うしかないと思います。

見積は契約ですから

見積以外の事はしてはいけません

事前確認を取らなければ追加は認められません

古い窓に戻してくれと言われたら戻さなくてはいけなくなります

何事も確認が大事で証拠になるものを

残すのが後々重要になります。

　見積もりは概算額ですから、仕事の予定が変わった場合にまで常に見積金額通りしか請求できないということはないと思います。
　また、仮に、当初の見積もりの範囲内で仕事を完成させることが約束の内容だったとしても、窓の取り替えは見積もりに入ってなかったにもかかわらず、お客さんは黙認していたみたいですし、リフォームをする上でほとんど必要といってよい工事だったみたいですから、窓の分は追加請求できると思いますよ。
　そうじゃなければ、お客さんの方が窓の分を理由なく儲けたことになってしまいます。

　ただ、窓の追加工事をいくら分の仕事と評価するかは、当事者の交渉次第です。お互いの信頼関係があれば、相場あたりで落ち着くのが通常でしょう。
　建築業という仕事はどうしても前もってぴったりの額を提示しにくいものですから、説明を丁寧に心がけないとトラブルが起きやすい業種だと思います。

　お客さんがどうしても支払う気がないなら、信用を考えて諦めるか、それとも「代金がいただけない以上、窓は外して持って帰らせてもらいます」と強気に出るか、それはあなたの判断次第だと思います。
　ちなみに、本当に窓を外して持って帰ったら、ダメですよ。元通りにしたことにはなりませんので。

見積もりに入っていない窓代を請求するのは無理な気がします。
元からあった窓は　使い物にはならなかったのでしょうか？
窓を直す　付け替える時点で　依頼者の許可を取るべきだったと思います。
依頼者にしたら　頼んでもない仕事を勝手にされて　お金を請求される事ほど嫌なものはありません。　これではまるで　詐欺です。
printaiさんにしたら　ついでであったかも知れませんが
依頼者にしたら　迷惑な話です。

＞こちらもこのご時世ですのでぎりぎりの予算の仕事となっており

貴方がそう言うなら　依頼者もまた　このご時世安くないリホームをしているのですから　少しでも節約する為に窓はそのままにしておきたかった事でしょう。
いくら　良い最高の仕事をしたとはいえ　相手に迷惑をかけるような仕事をしてはなりません。　ここは　引き下がった方が賢明だと思いますよ。
今後の　信用問題に発展しかねませんから。
人の口に戸は立てられないと申しますもの。　
今後　悪質業者として噂されるかもしれませんし
自業自得だった　勉強したと思って　今回は目をつむった方が良いと思います。