遺留分減殺請求の対処方法を教えてください

>裁判所へ申し立てすべきでしょうか？
>それとも遺留分を黙ってしはらうべきなのでしょうか？

この２択でのおたずねであれば、後者と言わざるを得ません。

というのは、裁判所というのは、ただ「不満です！何とかしてください！」と申し立てさえすれば、裁判所の方で法律などを調べてくれて、正しく措置してくれる、というところではありません。

本件の場合、先方からの「法律に基づく遺留分を払え！」という主張に対し、

貴方の側に、例えば、「コレコレという事実があるので、カクカクという法律の規定に該当するので、支払う義務はない！」

というような主張があって初めて、どちらの言い分が（より）正しいかを比べて、正しい方に軍配を上げてくれることになります。

したがって、何も理屈なしに裁判所に行っても勝ち目はありませんし、自分でその理屈が作れないのであれば、弁護士さんなどの法律専門家を頼んで作ってもらわなければなりません。

小生がお話を伺う限り、その長男氏やその子供によほどの不行跡がなければ、単に交流がなかっただけでは、遺留分がないという理屈はないように思います。
（判例では、あまりに故人をないがしろにしていたような場合には、権利の乱用である、ということで、遺留分を認めないとした判例がある由です。）

ただ、長女さんがお母様を生前介護したり、その財産である土地の維持に労力を注いでいたのであれば、その実態によっては、その労力分を「寄与分」としてまず長女さんがとって、その残りから遺留分を計算する、ということにできる可能性はあるかと思います。

本当に可能かは事実関係にもよりますので、それも含めて、まず弁護士さんなど専門家に相談されるのがよいと思います。

弁護士費用をかけるほどでもない額であれば、払ってしまった方がよいかもしれません。