悪徳不動産仲介会社からの手付金の回収はできるのか？

法人の負債の件ですが、個人には及びません。会社の借金は社長の個人の財産には及ばないのが現実です。ですから請求をだすのは会社という事になります。会社の代表を訴える事になります。但しここが少しややこしいのですが差し押さえ等ができる物は会社の口座のお金と会社が所有している固定資産、流動資産になります。流動資産は年数とともに査定の額が減少するもので　自動車や机などの備品が入ります。そして会社の社長が資産を会社から個人名義に移し替えしている場合の話ですがこれは基本的に不渡り、負債を出した日からさかのぼって６か月以内の資産移動は認められません。またそれ以前でも会計上おかしな資産の移動は認められません。ですから純粋な社長の資産以外は会社のものになります。

前回の補足でした。

補足の回答をさせて頂きます。
「手付金は半分売主に渡って、半分はこの仲介業者が横領している…。」
売買契約書に記載されている手付金額は、半分の金額なのでしょうか？
もし、そうなら売主の責任を追及するのは難しいでしょう…。
手付金全額が記載されているのであれば、追求は可能なのですが…。

公正証書の件ですが、公正証書を取交わすということは、これを条件に和解するということですので、刑事事件にはなりません。
公正証書を取交わした後、債務不履行を理由に今回の事件を刑事告訴するというのは、難しいと思います。弁護士等に相談が必要でしょう。

また、当該不動産会社の取締役には、民法714条・715条に管理監督責任が記載されていますので、持ち株に応じた請求は可能と思われます。
何をどうするにしても、必要になりますので、会社の登記簿謄本を見てみて下さい。財産も調べる必要があります。（兄の会社や個人資産についても）
公正証書の件も併せて、どちらにしても、不動産専門の弁護士に相談が必要です。

保証協会や売主が無理であれば、財産上の給付しかありませんので、おっしゃる通り、公正証書か民事調停が妥当なところかもしれません。
同じ不動産業者として恥ずかしい限りです。申し訳御座いません。

手付金を支払ったということは、売買契約書はあるのでしょうか？
売買契約書がある場合は、売主の記名・押印があるのでしょうか？
また、重要事項説明書はあるのでしょうか？

売買契約書が無い場合は、売主が売買の依頼を不動産会社に行った内容の確認を行い、不動産会社が無権代理（民法第113条・114条・115条・116条・117条）なのか表権代理（民法109条・110条・112条）で対処が異なります。
無権代理が証明されれば、詐欺で告訴が可能と思いますが、損害賠償は自己破産すれば、難しいと思います。

※無権代理＝本人を代理する権限がないにもかかわらず、勝手に代理人として振る舞うことをいいます。

※表権代理＝代理権なしに代理人が代理意思をもって行為をしても、当該行為は無権代理となり代理としての効果は否定されるが、代理権の存在について本人の責に帰するところによって一定の外観が生じており、相手方がそれを過失なく信じた場合は、表見代理として、代理が有効に成立することもあります。

売買契約書がある場合は、売主の記名・押印があれば契約が成立しているので、売主にも責任が生まれます。金銭授受の代理を依頼したこととなるからです。この場合は、売主は契約を履行しなくてはなりませんし、手付金を不動産会社から回収するのは売主となります。

重要事項説明書が無い場合は、宅地建物取引業法違反です。
宅地建物取引業者は、法務局に1000万円の供託か、保証協会に所属し保証協会が1000万円までを保証する様になっています。供託の場合は、供託金の差押えを行う必要があります。保証協会の場合は、苦情を協会にあげて、審議・指導してもらい、認証を受け損害金をもらうこととなります。

公正証書を取り交わす場合は、金銭消費貸借にならない様にして下さい。

まずは、弁護士等に相談に行く前に、不動産保証協会等の無料相談及び、都道府県庁の建築課等の監督庁に相談に行って見てください。

まず　社長の自己破産ですがこれは　破産しても会社には関係ありません。
不動産屋は法人ですよね？株式か有限になっていると思いますが、法人の会社の
負債・損失はその個人には及びません。なので会社が法人の場合、会社が赤字で社長が破産はありません。それに破産した人間が法人の代表にいる事はできません。
しかし、兄が公正証書を組むのは良いと思いますよ。その時、支払の義務を怠った場合の事などを明記しておけばその方が良いと思います。そして支払いが遅れた段階で裁判所に支払督促の申請をするのが最良ではと思います。
支払督促、強制執行なら国が制度を保障しているので良いと思いますよ。