元夫が無断で子供の育英資金を申請し、使い込んでいたことが離婚後に判明しました

そういう事情であれば、子の所有権する預金を不法領得の意思をもって排他的に処分してしまっているわけですから、「横領罪（刑法二五二条）」と解することもできます。
しかし、その場合、奨学金貸借契約自体は有効に成立していたことが前提になりますから、有印私文書偽造行使罪や詐欺罪は成立しないことになります。
また、親族相盗例の規定がありますので、事件発生時において同居親族であった元夫は「横領罪」での処罰は免除されます（刑法二四四条準用）。

私の意見としては、子の財産権に対する代理権を侵害したことが不法行為の始まりなわけですから、そこを看過して、預金（奨学金）の横領として糾弾するのは、少し違うような気がします。
それに、そもそも奨学金制度というのは、経済的事情により学業を断念することがないよう、憲法で保障された「国民が教育を受ける権利」を担保するための制度であるのに、一般金融業者からの融資より審査がゆるいことを利用した詐欺的行為は極めて悪質で、このような手口が横行すれば、（本人はそこまで思慮できず軽い気持ちだったとしても）子が平穏に教育を受ける環境に及ぼす影響は大きく、社会的にも看過することはできませんので、不起訴処分などにせず刑事上の責任をきちんと問い司法の立場が示されるべきだと思います。

そこで、何点かわからないところがあるのですが、

（イ）奨学金貸借（貸付）契約は借受人が未成年の場合、代理権者（親権者あるいは後見人）の同意書を添付しなければならないと思うのですが、その名義はどちらになっているでしょうか？
養子縁組が成立していなければ子と元夫は性が異なるのに審査をパスしていることから推察すると、妹さん名義で提出されたと思うのですが。。。
（ロ）当該契約には保証人と連帯保証人が必要なはずですが、それはどなたの名義となっていますか？
（ハ）公訴時効の関係がありますので、事件が発生した時期や事件が発覚した時期などの時系列はどうなっているでしょうか？

いずれにしても、妹さんの証言が事実であると認定させるための状況証拠（たとえば、同意書の筆跡鑑定結果、預貯金口座の出入金記録など）をある程度揃えれる目処がなければ、刑事責任はもちろん民事で賠償責任を問うことも難しいと思いますので、警察に告訴（告発）する前に、一度、弁護士さんなど専門家にご相談された方がよいと思います。

　元夫が妹さんに対し，離婚後にしている行為がストーカー行為にあたるかどうかはわかりませんが，参考となりそうなウェブページを紹介しておきますね。ストーカー行為が疑われるようであれば，まずは警察にご相談されることをお勧めします。
http://www.houterasu.or.jp/houritsu_yougoshuu/yougo_su/stalker.html
http://www.houterasu.or.jp/higaishashien/higai_naiyou/stalker/
http://www.houterasu.or.jp/news/houteki_trouble/20090203.html
http://www.houterasu.or.jp/higaishashien/keiji_tetsuzuki/higaitodoke/index.html

それでは。

こんにちわ。

当該奨学金貸借契約の契約当事者（借受人）は子自身ですから、本件契約は未成年者（子）の法定代理人である親権者（妹さん）の意思表示によって成立します。
詳細は不明ということですが、少なくとも元夫と子の間に法律上の親子関係が成立していないのであれば、奨学金貸借契約において、元夫は、代理権者としての地位にないにも関わらず、同契約書に代理権者であることを偽って、正当な権限なく署名・捺印して、貸付人を錯誤に陥らせることによって財物を給付させ、契約によって発生する債権を契約の本旨と異なる目的の為に行使していますから、「有印私文書偽造・同行使の罪（刑法一五九条）」および「詐欺罪（刑法二四六条）」が成立しているものと思われます。

連帯保証人ないし保証人自体は、元夫本人の名義である可能性もありますが、契約者名義人である子の代理権があるのは妹さんだけですから、他者がその代理権を承諾なく行使することは、妹さん（ひいては子）の権利の不当な侵害に相当しますので当然許されません。

しかし、あくまで、育英会が元夫の偽造行為によって財物（奨学金）を詐取された刑事事件として、元夫を刑事告訴するか否かは、直接的な被害者である育英会の判断に任せ、相談者側はこれ以上関わらない方がよいと思います。